2016年，清遠市根據《廣東省出生缺陷綜合防控項目管理方案的通知》精神，啟動實施出生缺陷綜合干預工作，并列入清遠市民生實事工程，市政府作為牽頭單位推動落實，市衛健局（原市衛計局）指定清遠市婦幼保健院為地市級出生缺陷綜合干預中心，2018年12月21日清遠市出生缺陷綜合干預中心通過省級驗收，全面負責清遠地區出生缺陷篩查和診斷監測技術指導與培訓工作。
    清遠市婦幼保健院2005年成為清遠市新生兒疾病篩查中心，2013年成為廣東省地中海貧血診斷中心清遠篩查分中心；2016年經省衛生廳批準取得產前診斷資質；2018年通過省級驗收成為地市級出生缺陷綜合干預中心，全面負責清遠市出生缺陷篩查、診斷及技術指導工作。
    中心共有醫務人員53人，設備60多臺套，設備總值約4000萬元，業務用房2000多平方米。具備產前篩查、產前診斷、新生兒疾病篩查和陽性病例隨訪及診療的服務能力，對神經管缺陷、染色體異常、嚴重單基因疾病、嚴重代謝和內分泌疾病、聽力障礙、明顯結構異常進行診斷和相關干預的服務能力，指導縣級做好婚/孕前優生健康檢查、產前篩查、新生兒疾病篩查，并接收轄區出生缺陷篩查陽性病例轉診，具有區域出生缺陷監測、技術指導能力。